La Unidad Nacional de Arqueología, dependiente de la Dirección de Patrimonio Cultural es la entidad responsable de normar, reglamentar y supervisar los trabajos arqueológicos a nivel Nacional.

Entre sus funciones están: planificar la investigación arqueológica a nivel Nacional; elaborar proyectos y programas para el desarrollo de la investigación arqueológica; proteger el patrimonio arqueológico del país, tanto in situ como en museos especializados y depósitos culturales. Inventariar y catalogar los sitios y objetos arqueológicos de la Nación.

Además debe organizar y representar al país en Congresos, Mesas Redondas y Seminarios de temas arqueológicos. Publicar libros, revistas, boletines, catálogos, guías y otros, para la difusión del patrimonio y de los trabajos científicos realizados.

La arqueología boliviana comenzó como ciencia a partir de la "Primera mesa redonda de arqueología", realizada en 1953 con la presencia de renombrados investigadores del pasado precolombino como José Imbelloni, Federico Diez de Medina, Carlos Ponce Sanjinés, Dick Ibarra Grasso, Gregorio Cordero Miranda, Teresa Gisbert, Maks Portugal, Leo Pucher, Julia Elena Fortún y otros.

Cuatro años después se realizó la "Segunda mesa redonda de arqueología boliviana", en la que se nombró una comisión de prestigiosos científicos para que organizara un centro de investigación en el sitio arqueológico de Tiwanaku, ubicado en la provincia Ingavi del departamento de La Paz.

De esta manera, el 20 de octubre de 1958 fue fundado el Centro de Investigaciones Arqueológicas en Tiwanaku (CIAT), que empezó a funcionar inmediatamente en el en el antiguo Hotel Prefectural de dicha localidad.

Con los años, ese edificio se convirtió en el primer repositorio especializado en la protección y exhibición de piezas recuperadas en el complejo arqueológico de Tiwanaku. Hasta la fecha el museo tiene 3 mil 545 piezas inventariadas y catalogadas.

A la vez con el CIAT se inició la excavación arqueológica, la investigación sistemática en gabinete y la publicación de estudios especializados sobre la cultura y civilización tiwanakota. En diferentes gestiones se realizaron trabajos de restauración en el Templete Semisubterráneo y el Templo de Kalasasaya y la conservación de los mismos.

El 14 de marzo de 1975, mediante el Decreto Supremo número 12302, el CIAT se convierte en el Instituto Nacional de Arqueología (INAR), como parte del Instituto Boliviano de Cultura (IBC), dependiente por entonces del Ministerio de Educación y Cultura.
Finalmente en 1996 la Secretaría Nacional de Cultura dispuso la unificación de los Institutos de Arqueología y Antropología en una sola institución denominada Dirección Nacional de Arqueología y Antropología de Bolivia (DINAAR).
En la pasada gestión la DINAAR fue convertida en Unidad Nacional de Arqueología cuyo actual Jefe es el arqueólogo Javier Escalante.

Tiene sus dependencias en la calle Tiwanacu # 69 su teléfono es el 2331633 en la ciudad de La Paz.