Jon Bernthal nació en un hogar judío siendo el hijo de Joan Lurie y Eric Lawrence "Rick" Bernthal. Cuando era pequeño asistió a la la Sidwell Friends School y se graduó en 1995, aunque es descrito como un joven muy "alborotador".
Tras sus estudios en la secundaria, estudió en Skidmore College en Nueva York, pero decidió abandonar esta carrera para seguir el consejo de su profesora de actuación, Alma Becker, que le dijo que se uniera a la Escuela de Teatro de Arte de Moscú en Rusia.
Una vez en Rusia y teniendo gran éxito sobre todo en obras teatrales, Bernthal fue observado por el director de la rama de Teatro de Formación Avanzada en el Teatro Repertorio Americano de la Universidad de Harvard, el cual invitó a Bernthal a realizar una maestría allí.